んで、結局

なんか、りなざうテクノウさんに紹介されると一気にアクセスが増えるんですが......というのはおいといて。
はてなが「ログイン方法を変更した」のではなくって、「アップロード時に認証を要求するようになった」というのが正しいかもです。cookieに入ってるRKというパラメータを、MD5_base64でエンコードして、RKMというパラメータで一緒に送ってね、という仕様になったのです。んで、とりあえずがりがり書いたんですが、うまくいかねーよ、というのが、ずっと続いていた、と。
で、最終的には、QMDCodec(の"Coding class")を使うことで、いけそうかなー、となったのですが、ここで３週間ほどハマリ。MD5_base64のエンコード自体はできてる（ように見える）のですが、なぜかはてなに通らない。
ずーーーっと考えた挙句、ふと気がついたのが、base64のエンコード後にデータ長さをそろえるためにパディングされる"="が余計だ！ということでした。
こんな感じ。

CaHDTools（修正前）のRKM：abxydlxx1cX57AZ1hg==

はてなのRKM：abxydlxx1cX57AZ1hg

＃どちらも実際の値ではありません。

というわけで、この"="をごりごりっと削除して、OKになりました。
長かった........。
.....っていうかこれって仕様的にどうなんでしょ？*1

*1:どっちが悪いとかじゃなくて、技術的興味で知りたいんですが。